С 2006 года по конец 2008-го генеральным спонсором команды являлся банк ВТБ[269]. Зимой 2008 года банк ВТБ отказался продлевать контракт. В сезонах 2007—2008 домашние матчи команда проводила в красных футболках и тёмно-синих трусах, а в качестве запасной формы в основном использовала сочетание золотых гетр и футболки с тёмно-синими трусами. После распада СССР в 1991 году бывшие республики, входившие в состав СССР, начали проводить собственные независимые футбольные соревнования. Высшая лига чемпионата России была создана практически с нуля. Для участия в Высшей лиге было собрано 20 клубов, в число которых вошёл и ЦСКА[81].
Резервный комплект — в чёрном, с пятью тёмно-серыми вертикальными полосками[243]. В июне 2012 ЦСКА объявил о подписании контракта с новым техническим спонсором компанией Adidas. По словам главы банка Игоря Шувалова, ВЭБ надеется найти для ЦСКА новых инвесторов.[235] 22 апреля 2020 года банк в рамках завершения конвертации долга клуба приобрёл 77,63 % его акций за 18 млрд руб. Управление клубом осталось за Евгением Гинером[238][239]. 8 июля президент ЦСКА Евгений Гинер объявил об уходе в конце сезона главного тренера армейцев Валерия Газзаева[166].
В межсезонье команду покинул Владимир Поликарпов, перешедший в футбольный клуб ГСВГ. За 12 лет в ЦСКА Поликарпов провёл 342 матча, в которых забил 76 мячей. Из московского «Локомотива» в команду перешёл нападающий Юрий Чесноков.
В 2010 году руководство клуба официально закрепило за болельщиками номер 12[287]. Теперь на всех домашних матчах диктор объявляет болельщиков наравне с командой. В 2010 году бюджет ЦСКА по сравнению с предыдущим годом был увеличен и составил 64 млн долларов, причём акционеры клуба ЦСКА ожидали получение профицита по итогам сезона, который должен был составить 168 тысяч долларов[263]. Все старые спортивные общества были закрыты или расформированы, а на их основе были образованы ведомственные команды.
Булганин подписал приказ о воссоздании футбольных команд при окружных домах офицеров, в том числе и ЦДСА. Старшим тренером команды был назначен Григорий Пинаичев, помощники — Константин Лясковский и Григорий Федотов. С набором состава были некоторые проблемы — многие из звёзд «команды лейтенантов» уже либо закончили карьеру, либо находились в солидном для футболистов возрасте.
За шесть дней до прихода в ЦСКА Тихонов также возглавил и сборную СССР. Эпоха Тихонова стала вторым «золотым» периодом не только ЦСКА, но и всего отечественного хоккея. С удовольствием берём эти два очка с собой, смотрим вперёд на плей-офф», — приводит слова Воробьёва официальный сайт ЦСКА. В 2018 году бюджет клуба составлял приблизительно 65 миллионов долларов[265]. 19 мая 2007 года произошла церемония закладки первого камня нового стадиона ПФК ЦСКА. Первый камень был заложен на месте старого стадиона ЦСКА.
29 апреля 1923 года вышел приказ, согласно которому в системе главного управления общего обучения трудящихся (Всеобуч), создаётся опытно-показательная военно-спортивная площадка Всеобуча (ОППВ). С 1924 года в связи с ликвидацией Всеобуча, армейский спорт центр стал именоваться «Опытно-показательной площадкой военведа», тем не менее аббревиатура клуба осталась ОППВ. В 1928 году спортивный клуб переименовывается в ЦДКА (Центральный дом Красной армии).
В межсезонье из-за финансовых проблем команду Тихонова покинули почти все ведущие игроки, усилился клуб разве только Старостенко и Покотило. В конце тысячелетия команда стала играть в форме с красно-синими вертикальными полосками и синими трусами. Гостевая форма стала полностью белой, позднее с одной красно-синей вертикальной полосой по центру или левой стороне футболки. В этой форме армейцы выступали вплоть до 2003 года включительно. В следующем сезоне в клубе появилась новая форма — красная футболка и тёмно-синие трусы, которая сохранилась до сих пор.
Все майки были выполнены в одном стиле и цвете (синем). После объединения двух команд старые стяги провисели в ЛДС ЦСКА в сезоне 2002—2003, после чего их сняли. В 2003 году в ЦСКА вновь стали поднимать стяги великих игроков и тренеров. В течение 2003—2011 годов был поднят 43 стяг, в том числе повторно 11 стягов «первого призыва». В 2013 году вместо маек, подвешенных под крышей арены, в ЦСКА вывесили именные вымпелы, закреплённые на балконах под ложами.
Четвёртый чемпионат страны вновь выиграла команда ЦДКА. Вакантную, после увольнения Тарасова, должность занял Алексей Мамыкин. В связи с Олимпиадой-76 для лучшей подготовки сборной СССР в сезоне 1976 года было проведено два усечённых чемпионата. По итогам чемпионата Владимир Астаповский был признан лучшим футболистом и вратарём СССР[65].
В 2014 году ЦСКА выиграл чемпионат в пятый раз и, таким образом, стал первым в российской истории клубом, собравшим оригиналы всех трофеев[5]. В 2007 году команда впервые вышла в полуфинал плей-офф чемпионата России и могла побороться за золотые медали, однако в упорной борьбе уступила «Ак Барсу». В ноябре 2021 года фанатов ЦСКА после проигрыша в домашнем матче с «Зенитом» больше часа не выпускали со стадиона.
В первой половине чемпионата ЦСКА выступал уверенно, заняв после первого круга второе место, однако во второй половине армейцы растеряли своё преимущество и заняли лишь шестую строчку в итоговой турнирной таблице. После неудачного сезона Бобров подал в отставку, пост главного тренера вновь занял Валентин Николаев[50][51]. В апреле 2004 года главным тренером ЦСКА стал легенда армейского клуба Вячеслав Быков, работавший до этого ассистентом главного тренера ХК «Фрибур» (главный тренер — Евгений Попихин). Быков всячески пытался раскачать команду, привить ей психологию победителя. По ходу чемпионата, в связи с локаутом в Национальной хоккейной лиге, армейцы укрепились выдающимися мастерами — Александром Фроловым, Николаем Жердевым, Олегом Сапрыкиным. Кадровые коррективы, вносимые в команду Вячеславом Аркадьевичем, положительных итогов ЦСКА не принесли.
Тихонова на посту главного тренера сменил рулевой ЦСКА-2 Александр Волчков, вторым тренером был назначен начальник СДЮШОР ЦСКА Сергей Гимаев, начальником команды стал Главный тренер Вооружённых сил МО РФ Виктор Жлуктов. Главными фаворитами четвёртого чемпионата считался звёздный ВВС, в который перебрался игрок ЦДКА Всеволод Бобров. Однако авиакатастрофа, которая произошла 7 января 1950 года возле Свердловска, унесла из жизни 11 игроков этого клуба, летевших на матч чемпионата.
Посчитав 5 место неудовлетворительным результатом, руководство клуба отправило главного тренера Григория Пинаичева в отставку, вместо него во главе клуба встал Борис Аркадьев, в тренерской работе которому помогал Всеволод Бобров. Аркадьев перестроил команду под схему 3+3+4, которая помогла армейцам завоевать бронзовые медали в сезоне 1958 года[39]. Финал кубка состоялся 16 октября 1955 в Москве на стадионе «Динамо».
Традиции поднятия под своды ледовых арен именных стягов известных игроков и тренеров в отечественном хоккее не существовало. Лишь в 1993 году ЦСКА стал первым клубом, где имена великих игроков стали увековечивать путём вывешивания именных стягов. Эту традицию в ЦСКА привнесли менеджеры питтсбургских «Пингвинов», работавшие в армейском клубе в рамках проекта «ЦСКА — Русские Пингвины».